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发表于 2017-6-28 18:58:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

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生命科学领域(结构生物学)常用(必备)网站,个人亲自整理出来的,大家看着用啊,大家有更好的,都来共享呀,谢谢了

NCBI : 查基因,查论文等等,功能最全面 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NEB cutter:查看酶切位点使用 http://nc2.neb.com/NEBcutter2/

ExPASy : 计算蛋白分子量,UV280消光度,等电点等等 http://web.expasy.org/protparam/

RCSB PDB :结构库,不解释 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

Psipre: 蛋白二级结构预测,个人觉得这个网站预测二级结构最好用,快又准。http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

Swiss-Model :基于同源性,预测和搭建模型,三级结构快速auto-build,还是蛮好用的。http://swissmodel.expasy.org/

BioGrid : 查蛋白相互作用的数据库,输入要找的蛋白名称,凡是已经报道有相互作用大分子,小分子都能找到。https://thebiogrid.org/

Pfam: 蛋白结构域组成查询。输入蛋白氨基酸序列,即可根据同源性划分该序列包含的结构域信息。https://pfam.sanger.ac.uk/search/sequence

HMMER: 个人觉得最好用的同源结构域查找的网站了,http://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

ESPript 3.x :蛋白序列比对和二级结构组成同时进行,好用,快捷,美观。http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ENDscript.cgi

ClustalW: 序列比对,好用,不解释了~http://www.genome.jp/tools-bin/clustalw
Crystals: 蛋白晶体学整套教程,http://www-structmed.cimr.cam.ac.uk/Course/Crystals/intro.html

X-tal protocols: 晶体学操作教程http://www.xtal-protocols.de/xtal.html ,还有hampton的也值得推荐http://hamptonresearch.com/menus.aspx?id=4

make_tray :晶体优化体系计算,方便晶体优化各种试剂成分的定量http://hamptonresearch.com/make_tray.aspx

ZDOCK:最好用最快捷傻瓜式的分子对接在线工具,搭建模型,寻找相互作用位点等等,http://zdock.umassmed.edu/

SERp: 蛋白结晶倾向性预测,并在此基础上提供突变位点,大大提高结晶的可能性,做晶体学的童鞋福音。http://services.mbi.ucla.edu/SER/?tab=Job+%26+Sequence

Scansite: 蛋白同源序列查询,磷酸化位点预测等等,功能还是十分强大的。http://scansite.mit.edu/

GPS:蛋白各种修饰预测,比如磷酸化,SUMO化,脂质化等等,http://ibs.biocuckoo.org/

最好赠送一个影响因子和杂质信息查询网站http://www.medsci.cn/sci/




[发帖际遇]: admin阅读文献比较少,蛋白质科学网代表中央财政部扣其 1 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-6-29 08:02:38 | 显示全部楼层
nice
[发帖际遇]: choice 做实验很认真,蛋白质科学网奖励其 10 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-6-29 08:18:20 | 显示全部楼层
感谢分享
[发帖际遇]: jhtjs2015 被钱袋砸中进医院,看病花了 4 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-7-4 17:32:38 | 显示全部楼层
这个好,谢谢师兄!
[发帖际遇]: GOGO 不认真做实验,被蛋白质科学网扣了 9 蛋蛋. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-7-4 20:52:37 | 显示全部楼层
GOGO 发表于 2017-7-4 17:32
这个好,谢谢师兄!


[发帖际遇]: admin最近实验不顺,蛋白质科学网慰问admin ,奖励9 贡献,并告诫“强者不是微笑着的人,而是哭着依然坚持奔跑的人”. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-7-10 11:47:46 | 显示全部楼层
谢谢大师兄
[发帖际遇]: 荷叶小露 发帖时在路边捡到 5 蛋蛋,偷偷放进了口袋. 幸运榜 / 衰神榜
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发表于 2017-7-10 13:17:07 | 显示全部楼层
“杂质”,字打错了
[发帖际遇]: lingxi 发表论文了,大家奖励其 10 贡献,并“喜大普奔”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-7-13 07:48:44 | 显示全部楼层
[发帖际遇]: admin 一个月就解出了一个蛋白质结构,大家共同奖励其 10 贡献,并表示“哎,不明觉厉啊!”. 幸运榜 / 衰神榜
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 楼主| 发表于 2017-7-13 07:49:55 | 显示全部楼层
lingxi 发表于 2017-7-10 13:17
“杂质”,字打错了

哎呦
还真是

所以这是“真唱”啊,不是“假唱”,可是我一字一字敲出来的。。。


[发帖际遇]: admin 很爱好问问题,不错,蛋白质科学网打赏其 6 贡献. 幸运榜 / 衰神榜
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